Une souris « knock-out » spécifique à un tissu constitue un modèle animal dans lequel un gène d'intérêt est « floxé » et peut donc être inactivé dans certains types de cellules d'un tissu donné (de manière conditionnelle). Les autres types de cellules et tissus présentent une expression génique inchangée et fonctionnelle.

Cette inactivation génique est obtenue grâce à une étape de croisement supplémentaire avec une lignée de souris « Cre-deleter » spécifique à un tissu ou à un type cellulaire. Ces modèles permettent également d'obtenir des knock-out« constitutifs »(concernant l'ensemble de l'organisme).

Applications

À des fins de recherche universitaire :

  • Étudier la fonction d'un gène dans un organe, un tissu ou un type de cellule spécifiques
  • Reproduire les pathologies causées par l'inactivation ou la déficience d'un gène dans un type cellulaire donné
  • Créer un phénotype spécifique à un tissu pour les protéines multifonctionnelles

Pour la recherche et le développement dans le domaine biopharmaceutique :

  • Valider les gènes cibles ayant des fonctions spécifiques à certaines cellules
  • Étudier les voies de signalisation dans certains types de cellules
  • Études de sécurité

Atouts des modèles murins « knock-out » spécifiques à un tissu

  • Très polyvalent : permet de passer facilement à l'étude d'un autre tissu
  • Vaste bank de souris deleter (Cre ou FLP), permettant une combinaison quasi infinie de spécificités tissulaires
  • Grande pertinence physiologique des données scientifiques obtenues à partir d'un tel modèle
  • Permet également d'accéder à des modèles « knock-out » constitutifs à des fins d'études comparatives

Limites des modèles murins « knock-out » spécifiques à un tissu

  • La création de lignées de souris nécessite l'insertion de séquences exogènes (lox, FRT) susceptibles de perturber la transcription et l'épissage
    → Ce risque peut être considérablement réduit grâce à une analyse approfondie sur les plans bioinformatique, génétique et bibliographique
  • L'inactivation du gène d'intérêt dans un type cellulaire peut survenir au cours de la différenciation de ce type cellulaire, entraînant un phénotype altéré et/ou une physiologie cellulaire modifiée
    → Cette limitation peut être contournée en appliquant des conditions telles que l'inactivation génique à un moment précis
  • Pour obtenir une spécificité tissulaire, une étape de croisement avec une lignée de souris délèteuse implique une production fastidieuse de cohortes
    → Cette question du « temps » doit être anticipée et prise en compte dans le conseil scientifique préalable au développement du modèle

Étude de cas

Modèle de la maladie de Crohn (MC)

Tschurtschenthaler M, et al. Une élimination déficiente de l'IRE1α médiée par l'ATG16L1 est à l'origine d'une iléite de type maladie de Crohn. J Exp Med. 2017.

Le gèneATG16L1T300A, qui présente un polymorphisme constituant un facteur de risque majeur de la maladie de Crohn, entraîne une altération de l'autophagie ; toutefois, on ignore encore en quoi cela prédispose à cette maladie.

Modèle : souris présentant une absence de gène Atg16l1 dans les cellules épithéliales intestinales (IEC) (Atg16l1ΔIEC) et reproduisant le phénotype de la maladie de Crohn iléale observée chez les humains homozygotes pour la mutation ATG16L1T300A.

Objectif : Étudier les mécanismes mis en œuvre par une autophagie altérée dépendante de l'ATG16L1 qui sont à l'origine de l'inflammation iléale.

Résultats : Une autophagie déficiente dans les cellules épithéliales intestinales (IEC) prédispose à l'iléite de la maladie de Crohn en raison d'une élimination altérée des agrégats de l'IRE1α, capteur de stress du réticulum endoplasmique (RE), lors d'un stress du RE.
L’IRE1α s’accumule dans les cellules de Paneth, des cellules épithéliales intestinales (CEI) spécialisées, chez les souris Atg16l1ΔIEC, et les humains homozygotes pour la mutation ATG16L1T300A présentent une augmentation correspondante de l’IRE1α dans les cryptes épithéliales intestinales.

Figure 1. Les souris Atg16l1ΔIEC âgées de 35 semaines présentent un stress du réticulum endoplasmique accru et une iléite transmurale de type CD.

Figure 1 - Souris Atg16l1ΔIEC

A-B) Images représentatives en H&E (B) et score histologique de l'entérite (C) chez des souris Atg16l1ΔIEC âgées de 35 semaines.

Figure 2. L'expression de l'IRE1α est accrue chez les souris Atg16l1ΔIEC âgées de 35 semaines et chez les patients atteints de la maladie d'ATG16L1T300A, et elle est à l'origine d'une iléite de type CD.

Figure 2a - Souris Atg16l1ΔIEC

A) Images confocales représentatives de l'immunoréactivité de l'IRE1α (en vert ; flèches blanches) chez des souris Atg16l1ΔIEC âgées de 10 et 35 semaines.

Figure 2b - Souris Atg16l1ΔIEC

B) Immunoréactivité représentative de l'IRE1α (en vert) stratifiée en fonction de l'allèle à risque de l'ATG16L1 (AA/AG/GG ; A, allèle sain ; G, allèle à risque) chez des témoins sains (n = 9/22/12) et dans la muqueuse non enflammée (n = 9/15/7) de patients atteints de MC.

C) Quantification des cryptes IRE1α+ présentées en B chez les témoins sains (n = 9/22/12) et les patients atteints de MC (n = 9/15/7) en fonction de leur génotype ATG16L1 (n = 18/37/19).

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